Ein halbes Jahrhundert nach dem Wiederaufbau von St. Michael aus den Trümmern des 2. Weltkrieges war eine Generalsanierung der ottonisch-romanischen Kirche zwingend geboten gewesen. Die unvergleichliche, karge Schönheit des vorromanischen Bauwerks auf dem Hügel verstand es, die vorhandenen Schäden und Unzulänglichkeiten optisch noch weitgehend zu kompensieren.
Der umfangreiche Sanierungsbedarf reichte von der Beseitigung der Simsschäden, den notwendigen Wandgestaltungen, der Beseitigung von Schäden an der Engelchorschranke, der Überholung der Beleuchtung und der Tontechnik, der Herstellung eines neuen Zugangs zur Orgelempore, der Behebung von Rissbildungen in der Westwand und des Westquerschiffes, der Beseitigung von Salz- und Feuchtschäden, sowie Brüchen an den Säulen, ihren Basen und Kapitellen, bis hin zur Sanierung des Taufbeckens, sowie des Epitaphs. Die Heizung musste den heutigen technischen Erfordernissen angepasst werden. Die Mehrzahl der Bleiglasfenster wurde in ihren Fassungen überarbeitet, gebrochene Scheiben ersetzt.
Bei den Arbeiten in der Kirche wurde die kostbare Bilddecke, der Jessebaum, durch eine temperierte Hängerüstung unterhalb der Obergadenfenster geschützt, so dass die fast 800 Jahre alte Deckenmalerei keinen Schaden nehmen konnte. Ebenfalls wurde die Orgel „eingepackt“, um größere Staubschäden am Werk und an den Pfeifen zu vermeiden. Die Arbeiten unterhalb des Fußbodens wurden von Archäologen begleitet, um Spuren vergangener Zeiten festhalten zu können. Die Ergebnisse liegen inzwischen in neuer Fachliteratur vor.
Durch das Engagement des Freundeskreises unter der Schirmherrschaft von Thomas Quasthoff konnten u.a. die neuen Fußbodenplatten und das Gestühl finanziert werden. Bis zur feierlichen Eröffnung des Jubiläumsjahres am 15. Januar 2010 konnten die meisten Sanierungsarbeiten im Innern der Kirche erfolgreich abgeschlossen werden. Die Arbeiten an der Engelchorschranke und an Fassaden und Dach sind inzwischen ausgeführt. Über eine Sanierung der Frauenfiguren im südlichen Seitenschiff der Kirche (Seligpreisungen) ist noch nicht entschieden.
Die Michaelisstiftung setzt sich dafür ein, die Kirche für die nächsten Generationen zu erhalten und mit Leben zu erfüllen.